Почему в отчёте брокера одна средняя цена, а в налоговом расчёте другая

Скорее всего, не ошибка. Приложение показывает среднюю цену по позиции, а налог по закону считается по методу ФИФО: первыми продаются бумаги, которые были куплены первыми. Если вы докупали частями по разной цене, то при частичной продаже в расход идут самые ранние лоты, со своей ценой.

Пример. Купили 10 штук по 100, потом 10 по 140. Средняя 120. Продали 10 по 130. Приложение рисует прибыль 10 × (130 - 120) = 100. А для налога списываются первые 10 по 100, прибыль 300, налог с неё 39 рублей. Оставшиеся 10 по 140 сидят в минусе, и он учтётся, когда их продадите.

Комиссии брокера тоже идут в расход, это я всегда проверяю по строчкам.

Это одна из причин, почему я среднюю цену в приложении вообще не смотрю. Веду табличку по каждой покупке, так проще понимать, сколько отдам налога при продаже.