Купил облигацию по цене 100%, а списали 1023 рубля вместо 1000

Это НКД, накопленный купонный доход. Купон платят раз в полгода целиком тому, кто держит бумагу на дату выплаты. Чтобы прежнему владельцу не было обидно, покупатель доплачивает ему купон за дни, которые тот держал бумагу.
Пример на пальцах: купон 40 рублей за полгода, с прошлой выплаты прошло примерно 105 дней из 182. НКД = 40 × 105 / 182 ≈ 23 рубля. Вот ваши 23. В день выплаты купона вы получите все 40, то есть эти деньги вернутся.

А налог потом с 40 взят будет или с разницы?

Я в прошлом году тоже так думал. Брокер удерживает налог со всего купона при выплате, а уплаченный НКД потом учитывается как расход при расчёте по операциям с бумагой. В отчёте это видно отдельной строкой, в конце года сальдируется. Детали лучше у бухгалтеров тут спросить, у меня как раз один выпуск и всё понятно, а на нескольких уже запутаешься.